تُعدّ محاكم التفتيش في العصور الوسطى (بالإنجليزية: Medieval Inquisition) عبارة عن سلسلة من محاكم التفتيش (هيئات الكنيسة الكاثوليكية المكلفة بقمع الهرطقة) من حوالي عام 1184، بما في ذلك محاكم التفتيش الأسقفية (1184-1230) وبعد ذلك محاكم التفتيش البابوية (1230). تأسست محاكم التفتيش في العصور الوسطى استجابةً للحركات التي تعتبر مرتدة أو هرطقة للكاثوليكية الرومانية، ولا سيما الكاثارية والولدينيسية في جنوب فرنسا وشمال إيطاليا. تُعتبر هذه الحركات الأولى للعديد من محاكم التفتيش التي تبعتها لاحقًا.
تمت ملاحظة الكاثار لأول مرة في أربعينيات القرن الحادي عشر في جنوب فرنسا، والولدينيسيون حوالي عام 1170 في شمال إيطاليا. قبل هذه الفترة، غالبًا ما تحدى الزنادقة الأفراد مثل بطرس برويس الكنيسة. ومع ذلك، اعتبرت الكاثارية أول حركة جماهيرية في الألفية الثانية التي شكلت تهديدًا خطيرًا لسلطة الكنيسة. تغطي هذه المقالة محاكم التفتيش المبكرة فقط، وليس محاكم التفتيش الرومانية في القرن السادس عشر فصاعدًا أو الظاهرة المختلفة إلى حد ما لمحاكم التفتيش الإسبانية في أواخر القرن الخامس عشر، والتي كانت تحت سيطرة الملكية الإسبانية تحت إشراف رجال الدين المحليين. اتبعت محاكم التفتيش البرتغالية في القرن السادس عشر ومختلف الفروع الاستعمارية النمط ذاته.