A felkelés egyike volt azon kevés alkalmaknak, amikor komoly zavargás tört ki a viszonylag békés Tokugava uralom idején.[2] Mivel a Macukura család új simabarai várát építette, így az adókat drasztikusan megemelték, ami a parasztok mellett a helyi róninok haragját is kiváltotta. Az elégedetlenséget súlyosbította a helyi keresztények üldözése, ami miatt 1637 végén nyílt felkelés tört ki. A felkelők a harai várba vették be magukat, aminek elfoglalására a kormányzat 125 000 katonát küldött, akik végül elfoglalták a várat.
A lázadók vezetőjét, Amakusza Sirót lefejezték, és a kereszténység betiltását keményen érvényre juttatták. A nemzeti elzárkózás politikáját megerősítették, és a kereszténység az 1850-es évekig hivatalosan üldözött maradt. A portugálokat kitiltották az országból, míg a hollandok, akik az ostrom során segítették a bakufu erőit, elnyerték a japánok bizalmát, és folytathatták velük a kereskedelmet.