VNTR
Z Wikipedii, wolnej encyclopedia
VNTR (z ang. variable number of tandem repeats – zmienna liczba powtórzeń tandemowych) – miejsce w genomie zawierające powtarzający się motyw więcej niż 3 nukleotydów[1][2], np. ...ACTGACTGACTGACTGACTG... Sekwencję taką można zapisać w formacie np. (ACTG)n, gdzie n oznacza liczbę powtórzeń motywu ACGT. W powtórzeniach tandemowych(inne języki) powtarzające się fragmenty są ułożone jeden obok drugiego (jeśli powtarzające się fragmenty są rozdzielone innymi sekwencjami, noszą one nazwę powtórzeń rozproszonych(inne języki)). Loci VNTR na ogół charakteryzują się wysokim poziomem zmienności w populacji. Można je podzielić ze względu na długość motywu na sekwencje mikrosatelitarne o długości motywu od 4–5 par zasad (bp)[2] i sekwencje minisatelitarne (czasem utożsamiane z VNRT[3]) o długości motywu od 6[2][4] (czasem minimalna liczba określana jest jako większa, np. 16[3] lub 20[5] bp) do ok. 100 par zasad[5] (niektórzy autorzy wskazują mniejszą liczbę, np. 64 bp[3])[1]. Do sekwencji powtarzalnych należy również satelitarne DNA.
W genetyce, biologii molekularnej oraz inżynierii genetycznej znajdowanie liczby powtórzeń motywu w locus ułatwia odczytywanie DNA organizmów. Po raz pierwszy metoda VNTR została zastosowana w procesie tworzenia genetycznej mapy człowieka. Technika VNTR opiera się na analizie tandemowo powtarzających się sekwencji par zasad o długości kilkunastu do kilkudziesięciu nukleotydów. Liczba powtórzeń sekwencji minisatelitarnych może wynosić nawet do 1000 i jest często zróżnicowana wśród genotypów tego samego gatunku biologicznego, co jest powodowane licznymi zdarzeniami rekombinacyjnymi.